Как я обсуждаю в своем блоге:
http://zsprawl.com/iOS/2012/04/comparing-jquery-mobile-vs-jqtouch/
Я нахожу в jQuery Mobile гораздо больше функций и гораздо лучшую межплатформенную поддержку. JQTouch очень легкий и отлично подходит для приложений на основе форм, которые просто нуждаются в навигации. В нем отсутствуют многие функции, которые просили пользователи, и которые были отклонены, например, фиксированные нижние колонтитулы и панели вкладок.