Я предполагаю, что сторона Java JOGL использует JNI (собственный интерфейс Java) для взаимодействия с собственными библиотеками. JNI использует системную переменную Java java.library.path для поиска собственных библиотек. Вы можете установить его в командной строке, используя ключ -D при запуске Java-приложения:
java -Djava.library.path=/some/path mypackage.MyProgram
Также может быть, что нативная система сама не подбирает нужные библиотеки OpenGL. В Linux вы можете установить переменную среды LD_LIBRARY_PATH, чтобы указать, где Linux должен искать общие библиотеки. Эта страница объясняет больше (см. Раздел 3.3.1).
Обратите внимание, что вы можете получить исходный код JOGL на домашней странице JOGL, поэтому, если вы действительно хотите знать, вы можете скачать его и начать копаться в нем.
(почему существует глупое ограничение: «новые пользователи могут размещать только одну гиперссылку» ????)