Я не совсем уверен, что понимаю, что вы хотите, но почему бы не сделать папки, а затем переместить остальные файлы, где они принадлежат?Конечно, это немного испортит историю (старые удаленные файлы не будут отображаться в новых папках), но это редко проблема.