Вы не используете filter()
для запроса предка. Попробуйте вместо:
M.all().ancestor(None).fetch(100)
Редактировать: хм, это не сработает, по-видимому (я клянусь, я где-то сделал это). Поэтому вам нужно сохранить дополнительное свойство как флаг для корневых объектов.