Редактирование справки по Perl-скрипту для запуска и остановки в определенных местах массива - PullRequest
Новая
       47

Редактирование справки по Perl-скрипту для запуска и остановки в определенных местах массива

3 голосов
/ 09 ноября 2010

Поиск неисправностей и редактирование справки. Это домашнее задание. Мой профессор поощряет использование форумов. У меня пока нет опыта работы с Perl-функциями или сабвуферами, поэтому, пожалуйста, ограничьте ответы соответствующим уровнем, чтобы я мог понять.

Цель сценария - прочитать строку ДНК (или файл из командной строки, который я добавлю позже), перевести ее в РНК, а затем вернуть значение белка в виде заглавной однобуквенной аминокислоты. названия кислот.

Функция скрипта:

  1. Возьмите 3-символьные «кодоны» из первого символа и дайте им односимвольный символ (заглавное однобуквенное название аминокислоты из хеш-таблицы)

  2. Печать РНК Белки, которые представляют собой строки, начинающиеся с AUG («M») и заканчивающиеся UAG, UAA или UGA.

  3. Если обнаружен пробел, запускается новая строка и процесс повторяется. Мы можем предположить, что промежутки кратны тройкам.

Основные проблемы, насколько я могу судить:

  1. Я не знаю, где провести цикл обработки данных в хэш-таблице. Я пытался разместить его до и после моего блока Foreach. Я также полностью удалил блок Foreach и попробовал «Пока» и «Если».

  2. Кажется, что блок Foreach не обрабатывает весь массив @all_codons и останавливается только в AUG.

  3. Очевидная и самая большая проблема в том, что он ничего не возвращает. Где-то в пути значению $ next_codon присваивается значение «ложь». Я пытался комментировать каждую строку по частям - последняя строка, которая возвращала что-либо, была My $ start, и оттуда все ложно.

Сценарий: 

$^W = 1;
use strict;


my $dna_string = "CCCCAAATGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCACTTGGCATGAATTTAATTCCCGCCATAAACCTGTGAGATAGGTAATTCTGTTATATCCACTTTACAAATGAAGAGACTGAGGCAAAGAAAGATGATGTAACTTACGCAAAGC";

my %codon_codes = (
    "UUU" => "f", "UUC" => "f", "UUA" => "l", "UUG" => "l",
    "CUU" => "l", "CUC" => "l", "CUA" => "l", "CUG" => "l",
    "AUU" => "i", "AUC" => "i", "AUA" => "i", "AUG" => "m",
    "GUU" => "v", "GUC" => "v", "GUA" => "v", "GUG" => "v",
    "UCU" => "s", "UCC" => "s", "UCA" => "s", "UCG" => "s",
    "CCU" => "p", "CCC" => "p", "CCA" => "p", "CCG" => "p",
    "ACU" => "t", "ACC" => "t", "ACA" => "t", "ACG" => "t", 
    "GCU" => "a", "GCC" => "a", "GCA" => "a", "GCG" => "a",
    "UAU" => "y", "UAC" => "y", "UAA" => " ", "UAG" => " ",
    "CAU" => "h", "CAC" => "h", "CAA" => "q", "CAG" => "q",
    "AAU" => "n", "AAC" => "n", "AAA" => "k", "AAG" => "k"
 );

my $rna_string = $dna_string;
$rna_string =~ tr/[tT]/U/;

my @all_codons = ($rna_string =~ m/.../g);

foreach my $next_codon(@all_codons){

    while ($next_codon =~ /AUG/gi){

        my $start = pos ($next_codon) -3;

        last unless $next_codon =~ /U(AA|GA|AG)/gi;

        my $stop = pos($next_codon);

        my $genelen = $stop - $start;

        my $gene = substr ($next_codon, $start, $genelen);

        print "\n" . join($start+1, $stop, $gene,) . "\n";
    }
}

1 Ответ

3 голосов
/ 09 ноября 2010

Я не понимаю, что такое «цикл данных через хэш-таблицу».

Мне кажется, что для каждого кодона вам необходимо проверить, является ли он стартовым, стоп-кодоном, пробелом или аминокислотой.И вам нужно каким-то образом сохранить состояние (ниже как $in_gene). 

my $in_gene = 0;

foreach my $next_codon(@all_codons){
    if ($next_codon eq 'AUG') {
        $in_gene = 1;
    }
    elsif ($next_codon =~ m/U(AA|GA|AG)/) {
        $in_gene = 0;
    }
    elsif ($in_gene == 1) {
        my $aminoacid = $codon_codes{$next_codon};
        print "\n" and next unless defined $aminoacid;
        print $aminoacid;
    }
}

Это печатает 

l
lqak
l
q
k
...