Как сопоставить два CSV-файла и записать в третий файл, заменив данные в файле 2 данными из файла 1 - PullRequest
Новая
       50

Как сопоставить два CSV-файла и записать в третий файл, заменив данные в файле 2 данными из файла 1

0 голосов
/ 22 мая 2019

У меня есть 2 CSV и текстовые файлы, файл 1 имеет 2 столбца, один с идентификатором гена и два с именем гена, файл 2 имеет много столбцов, причем часть строки в столбцах является идентификатором гена, например, идентификатор гена (генома) или псевдогенаидентификатор (геном).я хочу сравнить каждый идентификатор гена в файле 1 с каждым идентификатором гена в файле 2 и заменить идентификатор гена в файле 2 именем гена в файле 1, печатая в файле 3.

файл 1; 

SPAR5_0024, coA binding domain protein                    
SPAR5_0025, hypothetical protein                    
SPAR5_0026, hypothetical protein

файл 2; 

SPAR5_0024(72.AFAX01.1.gb) SPAR5_0026(72.AFAX01.1.gbff) SPAR5_0025(72.AFAX01.1.gbff)

желаемый вывод (файл 3); 

coA binding domain protein(72.AFAX01.1.gb) hypothetical protein(72.AFAX01.1.gbff) hypothetical protein(72.AFAX01.1.gbff)

с моим кодом получаю пустой файл 3

Эточто запущено; 

#!/usr/local/bin/perl -w

use strict;
use warnings;

my $file1 = "annot.txt";
my $file2 = "orthomcl.csv";
my $file3 = "combi.csv";

open (FILE1,"$file1") || die;
open (FILE2,"$file2") || die;
open (FILE3,">$file3") || die;


my @file1 = <FILE1>;
my @file2 = <FILE2>;


my %file1;
while ( my $value = <FILE1> ) {
    chomp $value;
    my @file1 = split /\s+/, $_;
    $file1{$value} = 1;
}

my %file2;
while (my $value = <FILE2>) {
    chomp $value;
    my @file2 = split /\s+/, $_;
    if ( $file1{ $value } ) {
        $file2 = $file1{ $file2 };
        print join( "\t" => @file2 ), $/;
    }
}

close (FILE1);
close (FILE2);
close (FILE3);

желаемый вывод (файл 3) 

coA binding domain protein(72.AFAX01.1.gb) hypothetical protein(72.AFAX01.1.gbff) hypothetical protein(72.AFAX01.1.gbff)

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 22 мая 2019

Вот пример того, как вы можете вставить аннотации из первого файла annot.txt во второй файл orthomcl.csv: 

use feature qw(say);
use strict;
use warnings;

{
    my $map = read_annot();
    my ($regex) = map {qr /$_/} join '|', map {quotemeta} keys %$map;
    my $fn = 'orthomcl.csv';
    open ( my $fh, '<', $fn ) or die "Could not open file '$fn': $!";
    my $str = do { local $/; <$fh> };
    close $fh;
    $str =~ s/($regex)/$map->{$1}/ge;
    save_combi( $str );
}

sub save_combi {
    my ( $str ) = @_;

    my $fn = 'combi.csv';
    open ( my $fh, '>', $fn ) or die "Could not open file '$fn': $!";
    print $fh $str;
    close $fh;

    say "Saved: '$fn'";
}

sub read_annot {
    my $fn = 'annot.txt';
    open ( my $fh, '<', $fn ) or die "Could not open file '$fn': $!";
    my %map;
    while (my $line = <$fh> ) {
        chomp $line;
        my ( $key, $value ) = $line =~ /^(\S+),\s+(.*)$/;
        $value =~ s/\s+$//;
        if (defined $key) {
            $map{$key} = $value;
        }
    }
    close $fh;
    return \%map;
}
0 голосов
/ 22 мая 2019

Основная ошибка в том, что 

my @file1 = <FILE1>;

my @file2 = <FILE2>;

потребляет все данные из файлов, так что нечего читать для 

while ( my $value = <FILE1> ) {

и 

while (my $value = <FILE2>) {
...