Ответ зависит от того, хотите ли вы сохранить набор битов в удобочитаемом формате. Если да - тогда вы можете использовать такие методы, как toString (int radix) с radix = 2 стандартных классов типов Java (Integer, Long, BigInteger, ...). В результате у вас будет строка, каждый символ которой представляет один бит («11100101100»).
Если вы хотите сохранить как можно более эффективный набор битов, возможно, вам лучше представить двоичные данные в виде набора символов и построить строку из этих символов или сохранить двоичные данные в классе BitSet, а затем сериализовать его.