Вы описываете один из прототипов вариантов использования для веток.Серьезно.
Тем не менее, я полагаю, что вы отбрасываете ветки, потому что перенос изменений между ветвями является сложной и трудоемкой задачей.Это медленно, и вы должны исправить конфликты, которые трудно понять.Ну, это не ограничение ветвей: это ограничение Subversion.Очевидно, что Subversion не хранит достаточно информации о ваших изменениях, и это действительно затрудняет правильное слияние.
Говорят, что другие современные системы контроля версий обрабатывают ветвления намного лучше, чем Subversion: git, Mercurial, Bazaar... Вы можете рассмотреть возможность переключения.
Как бы то ни было, вы можете обрабатывать параллельные ветви даже в Subversion.Взгляните на раздел «Ветвление и слияние» в книге «Контроль версий с помощью Subversion».TortoiseSVN может быть очень удобен, потому что, когда вы пытаетесь выполнить слияние, он выделяет ревизии, которые уже были перенесены.