Я тоже столкнулся с этой проблемой.Но Мои папки были в сетевом диске.
В SVN есть опция, которая по умолчанию устанавливает отображение значков наложения только для папок с фиксированным диском.Таким образом, нам нужно также поставить галочку «Сетевой диск».
Я сделал это, установив SVN -> Значок наложения -> Типы дисков -> Сетевые диски (отметьте)
Так что лучше сначала проверить эту настройку !!