Возможно, у вас установлена 64-разрядная версия Windows и установлена 32-разрядная версия Tortoise.
Установите также 64-битную версию. Обе версии могут быть установлены параллельно. Это даже имеет смысл: 64-разрядному обозревателю требуется 64-разрядная черепаха, но другим 32-разрядным приложениям может потребоваться 32-разрядная черепаха.