T4 не компилируется в том же контексте, что и код вашего проекта, поэтому вам нужно использовать директиву сборки для загрузки выходных данных вашего проекта.
Пока вы используете VS2010 SP1с этим проблем с блокировкой сборки не будет.
Однако этот вид рекурсивного шаблона, который вносит вклад в сборку, которую затем помогает построить, может быть хрупким, так как вам нужна версия двоичного файла длязагрузите чистую сборку.
Если это вообще возможно, я бы переместил ваш вспомогательный код в сборку Helper, которая не является частью вашего готового проекта, а является лишь частью вашего набора инструментов.