Ну, я нашел проблему.Проблема заключается в сочетании фильтров API и Атрибутов, которые у меня были на месте.
Поэтому я добавил пространство имен System к своим фильтрам API, чтобы оно включало атрибут Obsolete-Attribute:
<apiFilter>
<namespace name="System" expose="true">
<type name="ObsoleteAttribute" expose="true" />
<type name="SerializableAttribute" expose="false" />
</namespace>
<!-- rest of the stuff -->
</apiFilter>
И добавил его также в список фильтров атрибутов:
<attributeFilter expose="true">
<namespace name="System" expose="false">
<type name="ObsoleteAttribute" expose="true" />
</namespace>
<!-- rest of the stuff -->
</attributeFilter>
У меня был атрибут ObsoleteAttribute в моём атрибут-фильтре, но не в API-фильтре.
ЭтоТема также была полезна: http://docproject.codeplex.com/discussions/74716?ProjectName=docproject