Как установить последнюю версию BioPerl при использовании perlbrew? - PullRequest
Новая
       31

Как установить последнюю версию BioPerl при использовании perlbrew?

1 голос
/ 17 сентября 2010

Я использую perlbrew, и я хотел бы установить последнюю версию bioperl. Должен ли я использовать cpanm или git?

Если git - мне просто установить как обычно (AKA git clone ..., затем сделать и собрать), или я должен сделать что-то особенное?

UPDATE

В частности, я не уверен, что понимаю следующего эксперта из BioPerl Using Git manual :

Скажите Perl, где найти BioPerl (при условии, что вы проверили код в $ HOME / SRC; установить это в вашем .bash_profile, .profile или .cshrc): 

bash: $ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
tcsh: $ setenv PERL5LIB "$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"

Почему это необходимо?

ОБНОВЛЕНИЕ 2

Простой экспорт клонированного каталога bioperl не влияет на все сценарии bp_***.pl (которые обычно находятся в /usr/bin/ после обычной установки Build).

Я также пытался собрать из клонированного dir после переключения на правильную версию perl, используя perlbrerw, но затем он запускает оболочку cpan для установки некоторых зависимостей, которые, похоже, не работают с perlbrew (в отличие от cpanm).

Итак, мой вопрос остается ...

Спасибо!

1 Ответ

3 голосов
/ 17 сентября 2010

Последний BioPerl всегда будет на GitHub , так что git - это ваш ответ.Независимо от того, хотите ли вы получить преимущество, это отдельная история, но после того, как я в течение некоторого времени просматриваю список рассылки BioPerl, у меня возникает ощущение, что разработчики с большей вероятностью скажут « install from GitHub », если у вас возникли проблемыBioPerl, тем более что последняя версия на CPAN была выпущена в 2009 году. С тех пор было много разработок.

Что касается ее установки, я не понимаю, почему вы не моглипросто продолжайте и исполняйте стандартный танец git clone ... make / build, как только вы используете perlbrew perl, как это и есть точка perlbrew.: -)

Обновление для обновления вопроса: Существует реклама о настройке PERL5LIB, поскольку предположительно BioPerl не нужно создавать после того, как вы клонировали его с помощью git;он готов к использованию прямо из коробки.Предполагая, что вы не клонировали его в каталог в @LIB, вам нужно указать Perl, где его найти.Вы должны сделать это независимо от того, используете ли вы perlbrew.

По сути, процесс выглядит следующим образом:

  1. Клон BioPerl из GitHub.
  2. Makeубедитесь, что вы используете perlbrew -установленный Perl.
  3. Установите переменную окружения PERL5LIB в соответствии с инструкциями BioPerl.
  4. Запустите perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;', чтобы убедиться, что вы используетеBioPerl, который вы только что проверили.

Глядя на исходный код , # 4 должен распечатать 1.006900, я думаю (или, может быть, 1.6.9, я никогда не смогу сохранить номера версий Perl прямыми)).

...