упакуйте его, чтобы заполнить все направления. Добавьте отступы по мере необходимости.
Или используйте место, которое позволяет использовать относительное или абсолютное позиционирование. Вы можете использовать относительный x / y .5 / .5 и привязку «c» (в центре).
import Tkinter as tk
root=tk.Tk()
f1 = tk.Frame(width=200, height=200, background="red")
f2 = tk.Frame(width=100, height=100, background="blue")
f1.pack(fill="both", expand=True, padx=20, pady=20)
f2.place(in_=f1, anchor="c", relx=.5, rely=.5)
root.mainloop()