Если вы не укажете -P (удалить пустые каталоги), вы должны автоматически получить все пустые каталоги.
Вы проверили, есть ли у вас файл .cvsrc, в котором указано что-то вроде
co -P
Он должен находиться в вашем каталоге $ HOME
Если это не так, вопрос в том, установлен ли ваш тег в пустых директориях?
Были ли у вас проверены пустые каталоги, когда вы выполняли операцию с тегами?
Операция tag помечает только те вещи, которые есть в вашей песочнице, чтобы пометить все в хранилище, вместо этого выполните rtag.