Использование таблицы InnoDB сопряжено с дополнительными затратами на поддержку транзакций, откатами и т. Д. Если вам не нужна эта поддержка транзакций, вам действительно следует использовать таблицу MyISam, так как она не поддерживает транзакции и может работать быстрее. для поиска и т. д. Они проделали большую работу над InnoDB, чтобы ускорить его, но всегда есть, с чем бороться. Я бы посоветовал еще кое-что почитать, прежде чем переключаться.
При наличии такой большой таблицы, как предложение таблицы памяти, могут возникнуть проблемы с производительностью и объемом памяти. Для таких таблиц я бы порекомендовал структуру MyISam или таблицу InnoDB с innodb_flush_log_at_trx_commit, установленным в 0 (это переключается в режим, в котором транзакции не фиксируются на диске до того, как управление возвращается вызывающей стороне).