Если я правильно понял ваш вопрос, вам следует удалить стол из контейнера, в котором он находится.Например, если у вас есть что-то вроде этого в вашем коде:
JTable table = new JTable();
// Here is a container. It can be a JScrollPane, JPanel or something else.
JScrollPane scroll = new JScrollPane();
// Add the table to the container.
scroll.getViewport().add( table );
Чтобы удалить вашу таблицу из контейнера, позвоните:
scroll.getViewport().remove( table );
Теперь вы можете добавить другой компонент в контейнер иэто будет единственный видимый.