Я полагаю, что Enterprise Architect поддерживает Java.
http://www.sparxsystems.com.au/
Я использовал его для C # .NET, и он восстанавливает все ваши классы / методы / интерфейсы и т.д.создавать диаграммы последовательности.Также возможно получить диаграмму последовательности из сеанса отладки, но я еще не пробовал!