Ни то, ни другое, поскольку обе технологии предназначены для создания настольных приложений, а не RIA.
Теперь, если вы спросите, как вы должны построить свою RIA ... так, чтобы, когда, если, пришло время заняться версией для ПК, какую технологию вы должны использовать, Flex или Javascript / HTML?
Ответ становится очевидным после выбора между Flex или Javascript / HTML. Если вы используете Flex, то ваше настольное приложение будет в AIR; Если вы используете Javascript / HTML, ваше приложение Descktop будет в Titanium.
Мое предложение, иди с Flex - Air. Оба являются средой, в которой государство стало проще. Flex в любом случае написан так же, как клиентские (настольные) приложения, так как они имеют состояние.