Я думаю, что самый эффективный способ - это добавить файл данных в уже созданный apk.Затем подпишите только один файл + манифест.Думаю, это займет миллисекунды, чтобы вы могли сделать это «на лету».
К сожалению, я сомневаюсь, что есть инструмент для подписи только выбранных файлов, вам нужно будет написать один.