У меня была эта проблема раньше, когда я пытался остановить мувиклип, который содержал другие мувиклипы. Это возможно с вами?
Если это так, обязательно вызовите остановку внутри каждого мувиклипа.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вам также необходимо проверить свой синтаксис. У меня был один MovieClip, который не останавливался, и я нашел опечатку в вызове gotoAndStop для него внутри обработчика событий, который даже не сработал.