Взгляните на msbuild или nant. Лично я использую msbuild для отправки релизов в нашу среду контроля качества и создания пакетов, которые будут развернуты в производство.
Ваше приложение может, например, вызывать пакетные файлы, которые запускают сценарии msbuild, для создания и публикации сборок.