Сделайте это: -
Щелкните правой кнопкой мыши по файлу, который вы хотите исключить -> Команда -> Добавить в SVN: игнорировать
Кстати, когда вы вносите изменения в файл, SUPPOSED означает, что он не синхронизирован с репо. Это совершенно нормально. Если вы исключите этот файл из репозитория, то к этому конкретному файлу не будет применено управление версиями, что в первую очередь противоречит цели использования контроля версий. Другими словами, если вы случайно удалите этот файл или испортите этот файл, вы не сможете получить копию из репозитория. Просто убедитесь, что это именно то, что вы хотите, прежде чем выполнять вышеуказанный шаг.