Я занимаюсь разработкой критически важного веб-приложения, и мне было интересно, лучше ли пользователям вводить данные через всплывающие окна браузера или модальные поля javascript?
Я бы склонялся к самодельным, модальным блокам по ряду причин: элементы ввода можно стилизовать, сделать более удобными, а prompt() диалоги, как правило, съедаются блокировщиком всплывающих окон IE.
Однако,метод ввода, который вы выбираете, не является обязательным: правильная кодировка страницы, содержащей форму ввода, соединение с базой данных и таблицы базы данных, в которых хранятся данные, является действительно важным.