Текущая конфигурация с помощью инструмента публикации отправит файл web.config на конечный сайт, и, насколько я знаю, пути к этому нет.
Visual Studio 2010 предложит возможность иметь целевые конфигурации, позволяющие процессу развертывания выдвигать другую конфигурацию.
Что касается ссылки .dll, я полагаю, что единственный способ заставить это работать, если у вас для "Копии локального" установлено значение true для ссылки.