Не уверен, что это проблема версии Eclipse, как вы сказали (хотя я сомневаюсь в этом). Другой способ, который вы можете попробовать, - просто создать новый проект Pydev. Под текстовым полем имени проекта есть раздел, который называется содержимым проекта. Снимите флажок «Использовать по умолчанию» и перейдите в каталог pydev и посмотрите, что произойдет.
Может быть, после этого вы можете попробовать то, что rohanbk упомянул в «Установить как проект Django».