Я не знаю, какой фреймворк (если он есть) вы используете на сервере, но в Ruby on Rails есть функция включения скрипта, которая в зависимости от настроек (например, тестовая или производственная) может создавать множество тегов скриптов (обычно тестовых mode) или создайте один тег со всеми сценариями, объединенными в один (необязательно сжатый с некоторыми плагинами) файл. Я уверен, что многие другие фреймворки тоже поддерживают что-то подобное.
ОБНОВЛЕНИЕ: Я только что вспомнил:
Вы также можете сжимать вручную (удаляя пробелы и комментарии, сокращая имена переменных и т. Д.) И комбинировать файлы JavaScript и CSS с Yahoo! Библиотека пользовательского интерфейса: YUI Compressor . Просто убедитесь, что ваш JavaScript правильный, прежде чем сжимать его, попробуйте JSLint .