Вы смотрите в представлении Project Explorer. «Библиотеки со ссылками» отображаются в представлении Package Explorer. (Используйте Окно → Показать вид, чтобы открыть его.)
Также обратите внимание, что он также не будет отображаться в этом представлении, если в параметрах представления не установлен флажок «Показать узел ссылочных библиотек».