Обычно LocalConnection в ActionScript или комбинация JavaScript и ActionScript, использующая механизм ExternalInterface в ActionScript, является рекомендуемым способом синхронизации двух экземпляров Flash.
Но поскольку вы говорите, что у вас мало знаний о FlashЯ думаю, вы могли бы свести к минимуму часть ActionScript и Flash и использовать описанный более или менее устаревший JavaScript API для Flash Player на этой (около 10 лет) странице:
http://www.adobe.com/support/flash/publishexport/scriptingwithflash/scriptingwithflash_03.html
Короче говоря, вы должны сделать так, чтобы swf-файлы не воспроизводились автоматически, введя команду stop () в ActionScript в ваших Flash-файлах, а затем запустить их из JavaScript с помощью вызовов, таких как:
swf1.Play();
swf2.Play();
Опять же, в общем, я бы не рекомендовал использовать этот старый API, разработанный для Flash-контента, созданного около 10 лет назад, для Flash Player 5, задолго до появления ExternalInterface, но в этих конкретных обстоятельствах он можетпригодиться.