Вы можете сделать это довольно легко в терминале, если у вас установлен ffmpeg. В своем терминале введите следующее:
$>cd /your/path/to/videos
$>for i in *.mp4; do ffmpeg -i $i -ar 44100 $i.flv; done
Вторая команда просто перебирает каждый файл mp4 и присваивает имя файла $ i. Затем вы вызываете ffmpeg, используя $ i в качестве имени файла для ввода и вывода. Для вывода вы просто добавляете расширение, в данном случае $ i.flv. Таким образом, если ваше имя файла «video.mp4», оно будет выводиться как «video.mp4.flv».
Надеюсь, это поможет.