Да, должно быть отдельное приложение "Adobe Media Encoder", которое обычно распространяется вместе с "Creative Suite" для преобразования видео.
Кроме того, в качестве примечания, если ваши файлы .mp4 используют видеокодек H.264 и аудиокодек AAC, они могут воспроизводиться во Flash без преобразования в .flv, так что вы можете сначала проверить это.