Мне не совсем понятно, что вы хотите сделать, но в приведенном вами примере нет причин не вызывать IJ.run () напрямую - например, в плагине это будет:
import ij.plugin.PlugIn;
import ij.IJ;
public class Simple_PlugIn implements PlugIn {
public void run(String arg) {
IJ.run("FJ Edges","");
}
}
Если вы действительно хотите оценивать произвольный Java-код из String, то ссылки, предложенные Мэттом Боллом в его комментариях, помогут.
Если вы просто хотите выполнять простые сценарии в ImageJ, то это будетПроще использовать язык макросов или Javascript.Вы можете найти руководство по первому здесь:
http://rsbweb.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html
(В большинстве случаев полезно запустить сценарий с помощью средства записи макросов (в Плагинах> Макросы> Запись ...)) Надеюсь, это пригодится.