Думаю, это просто наследие. Есть много старых приложений, которые всегда работали с байтами и могут запутаться, если это изменится. Все, что приводит к тому, что байтовые строки и индексы уходят во внешнее приложение / язык, работающий в байтах, будет работать странным и непредсказуемым образом, если под ним переопределены индексы.
Я бы не использовал семантику байтов для нового приложения, и я согласен, что это не очень хороший вариант по умолчанию. Но, надеюсь, вы используете NVARCHAR, что позволяет избежать этой проблемы (поскольку она всегда основана на символах).