Если вы говорите о дереве kd в scipy.spatial , есть пара запросов диапазона.То есть есть несколько функций, которые принимают в качестве входных данных одну или несколько точек и радиус и запрашивают дерево для всех точек в радиусе точек запроса.
Двумя наиболее очевидными функциями являются query_ball_point и query_ball_tree.
Вы можете прочитать исходный код на github , чтобы увидеть, как реализованы эти запросы.