Прошло лет с тех пор, как я что-то использовал для этого, и я использовал только библиотеки Python. (На самом деле у меня была летняя работа в PDB в Университете Ратгерса).
Я думаю, что вы хотите использовать OEChem для C ++ (это открытый глаз ... тоже есть библиотека python).
Другая библиотека Python, которую я помню, это pymmlib (Python Macromolecular Library). Он может быть доступен и для C ++, но я думаю, что это проприетарное программное обеспечение, поэтому вам понадобится лицензия.
Хотелось бы, чтобы я вспомнил больше ... надеюсь, это поможет. Я не думаю, что будет легкое решение, если только вы не захотите написать его самостоятельно.