Невозможно запустить Porter5: создание файла `.flatpsi` вместо` .psi` - PullRequest
Новая
       11

Невозможно запустить Porter5: создание файла `.flatpsi` вместо` .psi`

0 голосов
/ 21 марта 2019

Я пытаюсь использовать Porter5 для запуска предсказания вторичной структуры белка в файле FASTA, содержащем набор последовательностей белков.Я использую компьютер с Linux.

Для начала я решил попробовать использовать файл примера, который загружается вместе с Porter5, под названием 2FLGA.fasta.Я использовал команду, найденную на странице GitHub для Porter5 (https://github.com/mircare/Porter5/)

$ python3 Porter5.py -i example/2FLGA.fasta --cpu 4

Я получил следующее сообщение об ошибке: 

sh: 1: /home/user/ncbi-blast-2.8.1+/bin/psiblast: not found
PSI-BLAST executed in 0.01s
wc: example/2FLGA.fasta.psi: No such file or directory
awk: cannot open example/2FLGA.fasta.psi (No such file or directory)
HHblits executed in 0.01s
Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/Porter5/scripts/process-alignment.py", line 37, in <module>
    sequences = lines[0] = len(lines) - 1
IndexError: list assignment index out of range
Traceback (most recent call last):
  File "Porter5.py", line 80, in <module>
    flatpsi_ann = open(filename+".flatpsi.ann", "r").readlines()
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'example/2FLGA.fasta.flatpsi.ann'

После PSI-BLAST скрипт Porter5 ожидает выходной файл с именем 2FLGA.fasta.psi. Я проверил каталог example, и он содержит выходной файл с именем 2FLGA.fasta.flatpsi.

Я не уверенчто делать здесь. Я не хочу пытаться изменять какие-либо скрипты Porter5 для поиска файлов .flatpsi вместо файлов .psi, потому что я новичок в программировании, и я не хочу, чтобы весь ад вырвался на свободуподделав код.

Может ли кто-нибудь помочь мне с этим? Любая помощь приветствуется.

(Есть куча ошибок, с которыми можно договориться позже, но о них я узнаю послеимеем дело с первым.)

...