Вы имеете в виду скомпилировать в JAR? NetBeans делает это автоматически, просто выполните «очистку и сборку» и найдите в подкаталоге «dist» вашего проекта. Там будет JAR с папкой "lib", содержащей необходимые библиотеки. Этих JAR + lib достаточно для запуска приложения.
Если вы отключите «Скомпилировать при сохранении» в свойствах проекта, тогда больше не нужно будет выполнять «очистку и сборку», в большинстве случаев достаточно просто «построить». Это сэкономит время, если вы захотите немного изменить код и перестроить JAR. Тем не менее, обратите внимание, что NetBeans иногда не в состоянии правильно обрабатывать зависимости и двоичную совместимость, что приведет к неправильному JAR-коду, выбрасывающему «не такой метод», или другим непонятным исключениям. Поэтому, если вы внесли много изменений со времени последней полной перестройки и даже удаленно не уверены, что она все равно будет работать, даже если некоторые классы не перекомпилированы, вы все равно должны выполнить полную «чистку и сборку», чтобы получить идеально рабочий JAR.