Сейчас я выполняю то же упражнение, и из того, что я видел, Док YUI - лучший. Мне нравится тот факт, что вы можете запустить его в режиме "сервер" и просматривать документацию по мере ее написания. Намного лучше, чем выполнять сборку каждый раз, когда вы меняете документацию. Кроме того, сгенерированная документация очень проста для чтения и очень хорошо организована.