При изучении моей базы данных в Netbeans я мог видеть только таблицы, представления и процедуры в дереве схемы. Так это единственные типы объектов, которые он мог исследовать? Как насчет исходников Java и классов Java по крайней мере?
Лучшей IDE для Oracle является JDeveloper.
Бесплатно скачать с http://www.oracle.com/technetwork/developer-tools/jdev/overview/index.html