У меня был такой же опыт. Оказалось, что я переименовал свой класс и файл xib, но в другом классе я создавал представление с помощью:
MyNewViewController *myNewViewController = [[MyNewViewController alloc]
initWithNibName:@"MyOLDViewController" bundle:nil];
Недосмотр, но удивительным для меня является то, что, когда этот файл Nib не существовал в моем проекте, его удалось успешно построить с использованием (предположительно кэшированного?) Старого файла Nib ... и приложение успешно запустилось, хотя отображается устаревший интерфейс.
Исправление того, что было передано initWithNibName, немедленно исправило проблему для меня.