Ошибка тестирования Bioperl в Perl - PullRequest
Новая
       25

Ошибка тестирования Bioperl в Perl

1 голос
/ 15 января 2011

Новичок здесь, я пытаюсь использовать модуль Bioperl в среде Perl. Моя конфигурация

  • Windows Vista / 32
  • Активный Perl 5.10.1
  • Bioperl 1.6.1
  • Padre and Per Studio 2010 IDE

Для руководства по установке я прошел BioPerlWiki и использовал метод PPM. Я успешно установил.

Чтобы проверить, работает ли Bioperl, я следовал далее: 

use Bio::Perl;  // Is working without error

Но когда я попытался выполнить дальнейшую проверку, как 

#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);

Тогда я получаю ошибку 

Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros

Я пошел к c:\perldoc Bio::Perl и знаю, что он использует, еще больше я пытался отследить ошибки и через Google, но не знаю, что не так.

Я знаю, что Perl и bioperl тоже находятся в системном пути. Кто-нибудь может указать мне, какие глупые ошибки я делал?

Также попросит список рассылки bioperl, но я знаю, что их ответ не так быстр, как stackoverflow

Спасибо

1 Ответ

2 голосов
/ 15 января 2011

Вы можете использовать прагму диагностика для расширения диагностики, испускаемой Perl: 

use diagnostics;
# your_code

Это даст вам подробное объяснение: 

You've said "use strict" or "use strict vars", which indicates
that all variables must either be lexically scoped (using "my"),
declared beforehand using "our", or explicitly qualified to say
which package the global variable is in (using "::").
...