Одним из лучших инструментов отладки OpenGl / D3D является nvidia NvPerfHUD. Это не поможет вам найти вашу точную проблему, но даст вам другое представление о том, что вы отправляете в конвейер рендеринга.
Тем не менее, я скажу, что я использовал его только с приложениями D3D, поэтому я не знаю, насколько это помогает в программах OpenGL.
EDIT:
Я не уверен, почему за это проголосовали. Я уже отлаживал проблемы с VB и IB с NvPerfHUD. Простые вещи, такие как плохие примитивные счеты и диагностирование, глядя на каждый отдельный розыгрыш.