Не уверен, что вы имеете в виду. По умолчанию рефактор Resharper (перемещение) не обновляет пространство имен перемещаемого вами класса. Это означает, что независимо от того, где вы его поместите, он будет существовать в старом пространстве имен.
Однако вы можете навести курсор на пространство имен и нажать Alt-ENTER, чтобы обновить его до нужного пространства имен с учетом структуры папки, или указать свое собственное, и в этот момент обновит все ссылки на класс