Да, это возможно.Настройка Ninject всегда выполняется в приложении ASP.NET MVC, которое ссылается на все зависимости.Таким образом, если ваши контроллеры определены в отдельной библиотеке классов, эта сборка, очевидно, будет указываться в вашем приложении ASP.NET MVC, и вы сможете определять в ней ваши модули Ninject.
Контейнер внедрения зависимости всегда настроенв самом внешнем слое луковой архитектуры , которая для приложения ASP.NET MVC является самим веб-проектом, потому что этот уровень знает внутренние слои.