.Net ведет себя более или менее одинаково на 32-битных и 64-битных ОС, так что там не о чем беспокоиться AFAIK.
Главное, о чем вы должны знать, это изменения в самой ОС:
- Реестр изменен, поэтому если вы читаете или записываете настройки реестра, вам, возможно, придется изменить этот код
- Некоторые местоположения файлов изменены. Например, у вас есть Program Files для 64-битных приложений и Program Files (x86) для 32-битных приложений. Также перемещены некоторые другие системные папки.
- UAC может вызвать проблемы. Вы должны проверить это
- Ваша программа может не иметь прав на запись в некоторые места в файловой системе или в реестре. Возможно, вам придется запросить у пользователя разрешение или даже потребовать от пользователя запустить приложение от имени администратора в худшем случае.
Это те изменения, о которых я могу думать в данный момент. В большинстве случаев ваше приложение будет отлично работать на обеих ОС.