Вы не должны вставлять javascript непосредственно в тег head, так как он не сможет быть сжат и объединен с другими сценариями. А также, поскольку он жестко запрограммирован в теге head, вам придется вручную добавлять / редактировать / удалять его для каждого возможного шаблона.
Просто вставьте это в код модуля:
<?php
$document = &JFactory::getDocument();
$document->addScript( '/path/to/my.js' );
?>
Если вы хотите, чтобы ваш javascript был добавлен на каждую страницу, вам нужно будет опубликовать свой модуль на каждой странице. Вероятно, лучше написать плагин, используя приведенный выше пример кода.