Вы не упоминаете, на каком языке вы работаете. В .NET, я думаю, вы могли бы сделать что-то вроде этого:
String lockedQueryName = "GetLockedFilesQuery";
Borland.StarTeam.Type ftType = STProject.DefaultView.Server.TypeForName(STProject.TypeNames.FILE);
STProject.DefaultView.Server.RefreshTypes();
Query query = ftType.Queries.FindByName(lockedQueryName, true);
Где lockedQueryName - это имя вашего сохраненного запроса. И STProject имеет тип Borland.StarTeam.Project и установлен для вашего проекта.