Параметры командной строки -dPrinted=true|false
говорят Ghostscript, как обрабатывать аннотации и изображения объектов в PDF-файлах.
Слои не являются ни одним из этих двух - они являются чем-то другим. -dPrinted
не влияет на обработку слоя Ghostscript.
Работает ли ваш файловый слой с Acrobat (Reader) в соответствии с вашими намерениями? Если нет, этот факт увеличивает вероятность того, что файл "глючит". Если да, то ошибка связана с Ghostscript.