Что сказал Джон, просто убедитесь, что вы не ссылаетесь ни на какие значения набора опций на базовое значение. Не очень очевидная вещь, которую нужно проверять при изменении значений элементов набора параметров, - это выбранные по умолчанию значения, которые вы могли назначить для поля, использующего этот набор параметров.
Скажем, у вас есть поле «Выбор», в котором используется набор параметров «Параметры», где «Параметры» содержат параметры «Да», «Нет» или «Возможно». Если вы установили значение «Выбор» по умолчанию на «Да», но затем изменили базовое значение параметра «Да», то значение «Выбор» по умолчанию будет удалено. Если вы посмотрите на файл customizations.xml, вы увидите, что хранится базовое значение набора параметров, а не текст.