Я думаю, вам нужно изменить настройки компиляции на None и скопировать их в вашу выходную папку.
Затем, когда вы запускаете свое приложение, оно должно загружать динамический xaml во время выполнения (например, CodeDOM, если выкомпилировать код во время выполнения).
Для этого XamlReader выглядит красиво, но никогда не пробовал .. Попробуйте эту ссылку: Загрузка XAML во время выполнения?